邱姓本为丘。西汉废黜百家，独尊儒术，为避孔丘讳，颁诏丘加邑部（“阝”）改为邱。金明昌三年（1192年）修曲阜孔庙，命臣庶回避孔丘之名，其域内丘姓改邱姓。但影响最大，范围最广泛的一次丘改邱姓是清雍正三年（1725年）因尊孔避讳孔丘之名，雍正帝诏令丘加邑（“阝”）为邱。辛亥革命推翻封建帝制，建立民国后，参议院议员丘逢甲等于1912年提议恢复祖先肇姓之丘。认为丘姓得自姜太公封地营丘，早于孔丘，无先人避讳后人之理，并在广州登报呼吁族人恢复丘姓。因此，闽粤台部分族人闻之响应。但全国大部分省区族人，因不知情，或因涉及法律户籍等诸多问题，仍然使用邱姓。故今丘、邱通用。

丘（邱）姓源很多，主要有四大源头：

一、出自姜姓：炎帝生于姜水（今陕西歧山县西），因以为姜姓。炎帝裔孙伯夷，号太岳，辅大禹治水有功，而封于吕（今河南南阳西），子孙从其封姓。其裔吕尚，又称姜子牙、太公望，辅佐周灭商，因殊功封于齐，建都营丘（今山东淄博市临淄区北），其支庶居于营丘者，以丘为氏。《广韵》引东汉应劭著《风俗通义》：“丘氏，齐太公封于营丘，支孙以地为氏，世居扶风，汉末丘俊持节江淮，属王莽篡位，遂留江左，居吴兴也。”唐《元和姓纂》载：“丘，齐太公封于营丘，支孙以地为姓，世居扶风。”

最早见于古籍的丘姓先祖有三：一是《孔子家语》中长事齐君、（前521年卒）后为孝子代称的丘吾子。二是《左传·昭公二十三年》有邾大夫丘弱。三是史称左丘明的《左传》、《国语》作者鲁左史丘明。

《汉书·古今人表》列左丘明为“上中仁人”，名齐孟子。丘姓一族亦以左丘明为荣，尊其为始祖。宋丘氏名人丘雍参与所编的《广韵·十八·尤·丘》条注引《风俗通义》载：“丘，鲁左丘明之后。”雁门邵思纂《姓解》云：“丘，鲁左丘明之后有丘氏。一云齐太公封于营丘，其后氏焉。齐有丘灵鞠。梁有丘迟、丘巨源，又丘仲孚治为天下第一”者。《著姓》云：“左丘明盖姓丘而官为左史”。宋吴曾《能改斋漫录》载：“丘迟姓，唐封演记……昔湖州有人发古冢得碑，乃南朝丘迟，其言迟乃左史丘明后……。”宋章渊《说郛·卷四十四·稿简赘笔·五卷》载：“吴兴丘墓一村之人皆姓邱，有大碑列其族党，称太史丘明之后。”《山东通史·先秦卷》称：“左丘明姓丘，名明。左为其官职的简称”。《中华姓氏大词典》邱[源]条注：“①系自姜姓，西周时齐太公封于齐，而都营丘，其支庶居于营丘者，遂以丘为氏。②春秋时鲁左丘明后”。据山东曲阜孔府档案馆珍藏明代民间版本《左传精舍志》载：“左子先世系出姜姓，太公封于营邱，嫡子丁公伋立为诸侯，支子印遂以邱为姓。”《山东省志·诸子名家志》编纂委员会编纂的《姜太公志·生平》载：“太公三子为丘穆公。太公封齐，都营丘，命其三子镇守营丘，以封地为氏，而为丘氏，卒谥穆公，故丘穆公为丘(邱)氏之祖。”今追尊穆公为丘氏开姓始祖。

二、源自曹姓。据《中国姓氏》载：黄帝之裔高阳氏颛顼，颛顼后裔祝融氏吴回，吴回之子陆终第五子安，曹姓。西周初，周武王封曹姓后裔曹挟于邾（今山东曲阜东南），建立邾国，初为鲁国附庸……春秋时邾大夫丘弱之后有丘氏。《中华姓氏大词典》邱[源]条注：“④春秋时邾国大夫丘弱之后有丘氏。”

三、出自古代少数民族改姓。黄帝少子昌意居鲜卑山，以山族焉。南北朝时，鲜卑族人拓跋氏入主中原，建立北魏政权，魏献帝七分国人，以弟豆真折为丘敦氏，封临淮王。魏孝文帝迁都洛阳后，改丘敦氏为丘氏，融入汉族，随后发展成河南丘氏望族的一支，以丘和、丘行恭父子最为知名。当时随同入洛的丘林氏（匈奴族）改为丘、林、乔三姓。此外东汉时的乌桓族、十六国时的西秦羌族中都有丘氏。汉魏时毌丘俭之子宗等四人也改为丘姓。

四、另据文献记载，以地名为氏的丘姓还有很多。如梁丘、陶丘、宛丘、闾丘、葵丘、籍丘、余丘、渠丘、壶丘、曹丘、楚丘、曼丘、咸丘、浮丘、麦丘等。

据新华社北京2006年1月10日电：在国家自然科学基金姓氏研究项目的支持下，中国科学院遗传与发育生物学研究所和深圳市鼎昌实业有限公司合作，对中国人（含台港澳）姓氏进行了一次大规模调查排序，丘（邱）姓在当今中国100个大姓中列为第65位。据统计：全世界丘（邱）姓人口约500万左右。分布于各省市区及海外数十个国家和地区。